食べ物がスムーズに流れるには、胃酸が十分に機能して消化を行い、ドロドロになった食べ物を胃の蠕動運動(ぜんどううんどう、胃が伸びたり縮んだりして内容物を送り出す)で送り出さなければなりません。
胃の蠕動運動は自分の意思ではコントロールできず、自律神経によって管理されています。自律神経が乱れると胃の蠕動運動が低下する原因となるため、ストレスや加齢などが胃もたれの原因となりやすくなります。胃に明らかな異常がないにも関わらず、胃の機能障害がおこる「機能性ディスペプシア」も近年増加しており、注目されています。
また、ピロリ菌の感染は慢性的な胃炎の原因となります。慢性的な胃炎が続くと、胃酸を分泌する組織が萎縮して胃酸の分泌が低下するため、消化が遅れ胃もたれの原因となります。